Juristische Personen des öffentlichen Rechts begründen mit ihren Wissenschafts- und Forschungeinrichtungen - bei Vorliegen der übrigen Voraussetzungen des § 4 KStG - einen Betrieb gewerblicher Art (BgA). Wird in dem BgA auch Auftragsforschung betrieben, ist die Tätigkeit der Auftragsforschung nach § 5 Abs. 1 Nr. 23 erster Halbsatz KStG steuerbefreit. Es handelt sich dabei um eine rein tätigkeitsbezogene Steuerbefreiung, d. h. es wird nicht der gesamte BgA von der Steuerbefreiung erfasst.

Zu der begünstigten Auftragsforschung zählt nach Auffassung der obersten Finanzbehörden des Bundes und der Länder auch die Vermögensanlage zugeflossener Mittel, die der BgA während des Fortgangs der jeweiligen Auftragsforschung verbraucht, d. h. die Erträge aus dieser Vermögensanlage sind auf Ebene des BgA steuerfrei. Ebenso sind auf Ebene der BgA Gewinne steuerfrei, die in Folge des Auftrages anfallen. Werden diese Mittel allerdings im BgA nicht für weitere Auftragsforschungen nachvollziehbar thesauriert, sind hieraus fließende Erträge auf Ebene des BgA steuerpflichtig.